Auf Chromosomenkonformationserfassung (3C) basierende Methoden zeigen die Chromosomenorganisation innerhalb des Zellkerns durch Bestimmung der physikalischen Nähe von Punktpaaren entlang des Chromatins. Sie erh alten Chromatin-Wechselwirkungen durch Quervernetzung, gefolgt von Fragmentierung, Ligation und Sequenzierung der interagierenden Regionen.
Wie funktioniert die Erfassung der Chromosomenkonformation?
Erfassung der Chromosomen-Konformation auf dem Chip (4C) erfasst Interaktionen zwischen einem Locus und allen anderen genomischen Loci. Es beinh altet einen zweiten Ligationsschritt, um selbstzirkularisierte DNA-Fragmente zu erzeugen, die zur Durchführung einer inversen PCR verwendet werden. … Auf einem einzigen Microarray können etwa eine Million Interaktionen analysiert werden.
Was ist Chromatin-Konformationserfassung?
Chromatin Conformation Capture (3C) ist eine wichtige Technik zur Untersuchung der Chromatinstruktur sowie die Grundlage für mehrere andere abgeleitete Techniken. … Das Protokoll beinh altet die Formaldehyd-Vernetzung von Zellen, gefolgt von Chromatin-Isolierung und Verdauung mit einem Restriktionsenzym.
Wie funktioniert die Hi-C-Sequenzierung?
Der Hi-C-Ansatz erweitert 3C-Seq, um Chromatin-Kontakte genomweit zu kartieren, und er wurde auch zur Untersuchung von Chromatin-Wechselwirkungen in situ angewendet. Bei diesem Verfahren werden DNA-Protein-Komplexe mit Formaldehyd vernetzt. Die Probe wird fragmentiert und die DNA wird extrahiert, ligiert und mit Restriktionsenzymen verdaut.
Was ist Hi-C-Technik?
Die klassische Hi-C-Technik beinh altet Restriktionsverdau eines Formaldehyd-vernetzten Genoms mit sequenzspezifischen Restriktionsenzymen, gefolgt vom Auffüllen und Reparieren der verdauten Enden mit Einbau von Biotin-verknüpfte Nukleotide. Die reparierten Enden werden dann neu ligiert.
