Homologiemodelle können auch verwendet werden, um subtile Unterschiede zwischen verwandten Proteinen zu identifizieren, die nicht alle strukturell gelöst wurden . Beispielsweise wurde das Verfahren verwendet, um Kationenbindungsstellen auf der Na+/K+ ATPase zu identifizieren und Hypothesen über die Bindungsaffinität verschiedener ATPasen aufzustellen.
Wofür werden Homologiemodelle verwendet?
Homologiemodellierung ist eine der rechnergestützten Strukturvorhersagemethoden, die verwendet werden, um die 3D-Struktur eines Proteins aus seiner Aminosäuresequenz zu bestimmen. Es wird als das genaueste der rechnergestützten Strukturvorhersageverfahren angesehen. Es besteht aus mehreren Schritten, die unkompliziert und einfach anzuwenden sind.
Was ist Homologiemodellierung und warum wird sie benötigt?
Homologiemodellierung erhält die dreidimensionale Struktur eines Zielproteins basierend auf der Ähnlichkeit zwischen Template- und Zielsequenz und diese Technik erweist sich als effizient, wenn es darum geht, Membranproteine zu untersuchen sind wie GPCR schwer zu kristallisieren, da sie ein höheres Maß an Verständnis von …
Wie erstellt man ein Homologiemodell?
die Homologiemodellierung umfasst mehrere Schritte
- Vorlagenauswahl anhand Ihrer Zielsequenz. Zu diesem Zweck können Sie eine BLASTp-Suche gegen alle verfügbaren Proteinstrukturen (PDBs) durchführen. …
- Alignment von Template und Zielsequenz. …
- Qualität Ihres Modells. …
- VerfeinerungIhres Modells entsprechend.
Was macht eine gute Homologiemodellierung aus?
Wenn wir ein "sehr erfolgreiches Homologiemodell" als eines mit <=2 Å rmsd von der empirischen Struktur definieren, dann muss das Templat >=60% Sequenzidentität mit dem Ziel haben, um erfolgreich zu sein Rate >70%. Sogar bei hohen Sequenzidentitäten (60 % - 95 %) weist jedes zehnte Homologiemodell einen rmsd von >5 Å gegenüberauf.
