Primer-Dimer-Artefakte treten typischerweise bei einer großen Schwellen-Zykluszahl (normalerweise > 35 Zyklen) auf, die höher ist als die Schwellen-Zykluszahl für das gewünschte Amplikon. Primer-Dimere nehmen deutlich zu, wenn heterologe genomische DNA hinzugefügt wird.
Wo würden Sie Primer-Dimere auf einem DNA-Gel sehen?
Bei nicht-quantitativer Endpunkt-PCR erscheint Primer-Dimer als mehr oder weniger schwacher Fleck auf einem Agarosegel, unterhalb der interessierenden Produktbande.
Wie entstehen Primer-Dimere?
Primer-Dimere bilden sich wenn zwei Primer aufgrund von Regionen mit Primer-Komplementarität aneinander statt an die Template-DNA binden.
Wie erkennt man Primer-Dimere?
Der einfachste Weg, auf Primer-Dimere zu prüfen, ist, Ihre Reaktionen mit Ihrer Negativkontrolle (Wasser anstelle von DNA oder RNA) zu vergleichen. In der Negativkontrolle bilden sich immer noch Primer-Dimere. Einige Primer-Sets bilden mit größerer Wahrscheinlichkeit Dimere als andere.
Warum treten Primer-Dimere auf?
Hauptsächlich sind Primer-Dimere zu sehen aufgrund der hohen Konzentration des Primers in der PCR-Reaktionsmischung. Oder wenn es keine PCR-Amplifikation gibt und Sie ein Primer-Dimer im Agarosegel sehen können. Wenn Sie das PCR-Produkt sehen können, können Sie die Konzentration des Primers reduzieren und die anderen Bedingungen gleich h alten.
